cygwinでテキストファイルの改行コードを変更するときは、unix2dos, unix2mac, dos2unix, mac2unix コマンドを使うと簡単にできます。-hオプション付けると詳細な使い方が表示されますが、ほとんどの場合は引数に変換対象ファイル名を指定すれば事足りると思います。

・元のファイルはUnix改行コード。(LF)
$ file sample.txt
sample.txt: ASCII text

・Windows,DOS改行コードに変換。(CRLF)
$ unix2dos sample.txt
unix2dos: converting file sample.txt to DOS format …
$ file sample.txt
sample.txt: ASCII text, with CRLF line terminators

・Mac改行コードに変換。(CR)
$ unix2mac sample.txt
unix2mac: converting file sample.txt to Mac format …
$ file sample.txt
sample.txt: ASCII text, with CR line terminators