ATOKを使っているとたまに突然MS-IMEに変わってしまうことがあって悩みつつも放置していたのですが、調べたら原因がわかりました。キーボードレイアウトの切り替えにCtrl+Shiftというキーアサインが割り当てられているのが原因のようです。試しにCtrl+Shiftを何回か押すと押す毎にATOK・MS-IMEに変わります。

以下、これのキーアサインを無効にする方法。（Win7の場合です。XPとかでもたぶん似たような感じ。）

１．「言語バー」右クリックで「設定」を選択して「テキストサービスと入力言語」を開く。
※コントロールパネルからは「地域と言語」－「キーボードと言語」－「キーボードの変更」ボタン押下で開けます。

２．「詳細なキー設定」タブの「入力言語ホットキー」で「入力言語を切り替える」を選択した状態で
「キーシーケンスの変更」ボタンを押します。

３．「キーボードレイアウトの切り替え」を「割り当てなし」に変更してOKボタン押下、「テキストサービスと入力言語」の「適用」ボタンを押して終了。

これでShift+Ctrlを押してもATOK・MS-IMEが切り替わらなくなります。